Tarr Zoltán, a Magyarországi Református Egyház zsinatának szóvivője az MTI-vel közölte: örömmel értesültek Ferenc megválasztásáról, "áldást kívánnak" munkájára és "reménységgel tekintenek szolgálata elé", ami "ebben az egyházi és társadalmi értelemben nem könnyű helyzetben reá vár".
Gáncs Péter, a Magyarországi Evangélikus Egyház elnök-püspöke örömét fejezte ki, hogy dél-amerikai pápát választottak, ami kifejezi, hogy a kereszténység az egész világra kiterjed, "nem európai találmány". Jó üzenetnek tartja egyúttal, hogy a "perifériáról" került ki az új katolikus egyházfő. Rámutatott: a kereszténység Latin-Amerikában nagy vitalitással bír, élet- és emberközeli, a hétköznapokban is vidámságot sugároz, amit ő maga is megtapasztalt, amikor az Egyházak Világtanácsának nagygyűlésén vett részt Brazíliában. Örvendetes, hogy szociálisan érzékeny, a fiatalokkal is szót értő pápát választottak, a jezsuitákkal kapcsolatban pedig az egyházak pozitív ökumenikus tapasztalatokkal rendelkeznek - tette hozzá.
Feldmájer Péter, a Magyarországi Zsidó Hitközségek Szövetségének (Mazsihisz) elnöke az MTI-nek úgy nyilatkozott: fontos számukra, hogy olyan embert választottak pápának, aki érzékeny a szegények, az elesettek és a kisebbségek sorsára. Felhívta a figyelmet arra: Ferenc pápa igen jó kapcsolatot ápol mindennapi szinten is a viszonylag nagy számú argentin zsidó közösséggel, még hanukaünnepségen is részt vett, a vallásközi párbeszédet pedig élénken ápolja. Annak a meggyőződésének is hangot adott, hogy Ferenc pápa továbbviszi II. János Pál és XVI. Benedek örökségét, és nagyon fontosnak tekinti majd a zsidósággal folytatott párbeszédet.
Az Egységes Magyarországi Izraelita Hitközség (EMIH) az MTI-hez küldött közleményében azt írta: az EMIH "és a magyarországi zsidó közösség jó kívánságokkal köszönti az új pápa megválasztása alkalmából a katolikus egyházat és minden katolikust világszerte és Magyarországon". A hitközség gratulál Ferenc pápának, "reményekkel telve, hogy a zsidó közösség és a zsidó vallás felé nyújtott békejobb az új pápa vezetése alatt, az előző évtizedek tendenciájának megfelelően, egyre jobb és intenzívebb egyházközi kapcsolatokhoz vezet majd, a tudás, az elfogadás és a közös értékek keresése irányába terelve a fiatal nemzedékeket, egy indulatokkal teli világban". "A vatikáni konklávé sikere, a pápaválasztást övező világméretű médiafigyelem és közérdeklődés, vallási hovatartozástól függetlenül, mindannyiunkat arra emlékeztet, hogy a legmodernebb technika korában is milyen fontos szerepe van a hitnek és a sok száz vagy ezer éves vallási hagyományoknak" - fogalmaztak.
A Magyarországi Egyházak Ökumenikus Tanácsa (MEÖT) az MTI-hez eljuttatott közleményében azt írta: "örömmel értesült" Ferenc pápa megválasztásáról. A Steinbach József elnök és Fischl Vilmos főtitkár által jegyzett írásban az áll: "azt kérjük Istentől, hogy személyét és szolgálatát gazdagon áldja meg az egyház és az embervilág javára".